При всем том и не только по указанным выше причинам «Священный гриб и Крест» оказалась книгой крайне неортодоксальной, которая в значительной мере подорвала авторитет Аллегро в ученых кругах. Откликнувшийся на книгу рецензент «The Times», например, допустил личные выпады, подчеркивая дилетантский уровень психоанализа у Аллегро, чтобы скомпрометировать его. Сами издатели, выпустившие в свет книгу Аллегро, вынуждены были оправдываться, утверждая, что книга оказалась «излишне оскорбительной». В письме в «The Times» от 26 мая 1970 г. четырнадцать видных британских ученых решительно опровергли выводы Аллегро. В числе авторитетов, поставивших свои подписи под письмом, был Геза Вермес из Оксфордского университета, который прежде выражал согласие с большинством взглядов Аллегро на материалы кумранских находок и, словно эхо, подхватывал сетования Аллегро на странную медлительность членов международной группы. Среди подписантов оказался и профессор Годфри Драйвер, бывший учитель Аллегро, сформулировавший еще более радикальную интерпретацию кумранских текстов, чем на то отважился сам Аллегро.
Аллегро тем временем продолжал привлекать внимание общественности к проволочкам с публикацией текстов свитков. В 1987 г., за год до своей кончины, он заявил, что отсрочки, практиковавшиеся международной группой, носили «патетический и ничем не оправданный характер», и добавил, что его «бывшие коллеги на протяжении многих лет, как собака на сене, сидят на материале, который не только имеет огромную важность, но и является наиболее значительным в религиозном отношении»:
«Нет никакого сомнения… что свидетельства свитков опровергают мнение об уникальности христианства как секты… По сути дела, мы мало что знаем об истоках христианства. И вот эти документы поднимают завесу тайны».